ПРОТЕКТА е създадена от участници в Студентските протести през '96 - '97 година с цел насърчаване на енергия на млади хора, чрез бъдещите дейности към положително участие в обществения живот на местно и национално равнище. Въпреки че е регистрирана през 1998 г., ПРОТЕКТА реализира някои свои дейности още през 1997, в качество си на все още неформална група.

Най-важната крачка в нашето развитие е откриването на Информационен център зa НПО в Южна Сърбия през януари 2000 г. В периода на големия натиск върху медиите и неправителствените организации от режима на Милошевич, Информационният център на ПРОТЕКТА е информирал активисти от НПО сектора за актуални събития, за възможности за сътрудничество, за отпускане на средства и за дейности с цел изграждане на гражданското общество в Сърбия. По това време активисти и екипът на ПРОТЕКТА неведнъж са арестувани и разпитвани от полицията.

Благодарение на образованието на своите членове и забелязването на специфични проблеми на местни общности в Югоизточна Сърбия, ПРОТЕКТА стана интересна за голям брой донори. През 2000 г. са реализирани 3 проекта, с бюджет от 30 000 марки. Голям брой млади хора със своите идеи и ентусиазъм помогнаха ПРОТЕКТА да израсне, да реализира нови проекти и да придобие нови приятели. По този начин възникнаха екипи на ПРОТЕКТА, чрез които младежи могат да получават информация и да реализират идеи, в интересуващите ги сфери. С годините  ПРОТЕКТА, с помощта на все по-голямата поддържка на донорите, е израснала и в структурно и в програмно отношение.